5 περιοχές (sites) NATURA απαντώνται στην ευρύτερη περιοχή ευθύνης του Φορέα Διαχείρισης Λίμνης Παμβώτιδας:
- ΕΖΔ-ΖΕΠ GR2130005 ΛΙΜΝΗ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ (στο σύνολό της),
- ΖΕΠ GR2130012 ΕΥΡΥΤΕΡΗ ΠΕΡΙΟΧΗ ΠΟΛΗΣ ΙΩΑΝΝΙΝΩΝ (στο σύνολό της),
- ΕΖΔ GR2130008 ΟΡΟΣ ΜΙΤΣΙΚΕΛΙ (μέρος αυτού),
- ΖΕΠ GR2130011 ΚΕΝΤΡΙΚΟ ΖΑΓΟΡΙ ΚΑΙ ΑΝΑΤΟΛΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΤΟΥ ΟΡΟΥΣ ΜΙΤΣΙΚΕΛΙ (μικρό μέρος αυτού),
- ΖΕΠ GR2130013 ΕΥΡΥΤΕΡΗ ΠΕΡΙΟΧΗ ΑΘΑΜΑΝΙΚΩΝ ΟΡΕΩΝ (πολύ μικρό μέρος αυτής).